dCTP常用(yòng)于PCR、real-time PCR、RT-PCR、cDNA合成、引物(wù)延伸反應、DNA測序、DNA标記等各種常規分(fēn)子生物(wù)學(xué)反應。
本産(chǎn)品為(wèi)溶液鈉鹽形式,用(yòng)超純水配制,并用(yòng)高純度NaOH溶液調節pH值至7.0,濃度為(wèi)100 mM。
經檢測,dGTP純度≥99%(HPLC),且無DNase和RNase污染。
本産(chǎn)品為(wèi)即用(yòng)型,可(kě)以直接用(yòng)于PCR等各種常規分(fēn)子生物(wù)學(xué)反應。
特點包括:
• pH 7.5
• HPLC 确認純度 >99%
• 在 –20°C 下穩定保存 2 年
• 不含 qPCR、PCR、逆轉錄抑制劑
• 不含 DNase 和 RNase
• 不含人類和大腸杆 DNA
PCR 反應 概要:
1.配置反應體(tǐ)系
将各成分(fēn)依次加入到 0.5ml 的離心管中(zhōng)
擴增使用(yòng)熱啓動酶,可(kě)在常溫下操作(zuò),非熱啓動型的酶要在低溫配置反應體(tǐ)系。
2.按照試劑盒說明書設置反應時間和溫度,擴增結束後電(diàn)泳鑒定
3.瓊脂糖核酸電(diàn)泳:
· 将電(diàn)泳所用(yòng)器具(jù)蒸餾水洗淨,架好梳子
· 根據要分(fēn)離的 DNA 片段大小(xiǎo)制備合适濃度的瓊脂糖凝膠,準确稱取一定的瓊脂糖加入到錐形瓶中(zhōng),加入 30ml 左右的電(diàn)泳緩沖液(TAE 或 TBE)
· 在微波爐中(zhōng)加熱融化後冷卻至 40℃左右,充分(fēn)混勻後倒入電(diàn)泳槽中(zhōng)
· 室溫下凝固 40 分(fēn)鍾左右,小(xiǎo)心拔出梳子,将凝膠放置電(diàn)泳槽中(zhōng)準備點樣
· 在電(diàn)泳槽中(zhōng)加入電(diàn)泳緩沖液,漫過凝膠表面即可(kě),點樣孔内不要有(yǒu)氣泡
· 樣品點樣前準備好,(在八連管中(zhōng))加入 5ul 樣品,1ul 的 6xLoding buffer 和 1ul 的染料混合,用(yòng)搶将混合後的樣品緩緩注入到點樣孔中(zhōng),注意不要串孔
· 按照正負極(紅正黑負),接通電(diàn)源,電(diàn)壓 40-60V,時間 30-40min,可(kě)根據溴酚藍的位置判斷是否終止電(diàn)泳
· 電(diàn)泳結束,關閉電(diàn)源,凝膠成像觀察,并對比 marker 确定片段大小(xiǎo)
(不同的瓊脂糖濃度分(fēn)離不同大小(xiǎo)的 DNA 片段)
引物(wù)
引物(wù)是決定 PCR 反應成敗的關鍵,要保證擴增的準确、高效,引物(wù)的設計要遵循如下原則:
1. 引物(wù)的設計在 cDNA 的保守區(qū)域,在 NCBI 上搜索不同物(wù)種的同一基因,通過序列分(fēn)析的軟件,得到不同基因相同的序列就是該基因的保守區(qū)
2. 引物(wù)的長(cháng)度:15-28bp,長(cháng)度大于 38bp,會使退火溫度升高,不利于普通 Taq 酶的擴增
3. 引物(wù) GC 含量在 40%-60%,Tm 值最好接近 72℃
4. 因密碼子的簡并性,引物(wù)的 3’端最好避開密碼子的第三位(最好為(wèi) T)
5. 堿基分(fēn)布錯落有(yǒu)緻,3’端不超過 3 個連續 G 或 C
6. 引物(wù)自身不要形成發夾結構,引物(wù)設計完成,要 BLAST 驗證
模闆
PCR 擴增對模闆的要求不高,單鏈、雙鏈 DNA 均可(kě)作(zuò)為(wèi)擴增片段,雖然 PCR 能(néng)夠擴增微量的 DNA,為(wèi)了保證擴增的特異性,對不同來源的模闆,起始濃度有(yǒu)一定要求,可(kě)以是純化後的樣品也可(kě)以是粗制品,不同來源的模闆采取不同的處理(lǐ)方法,實驗模闆的純化越簡單越好,但模闆中(zhōng)如果含有(yǒu)任何的 Taq 酶抑制劑、蛋白酶、核酸酶等,會幹擾反應。模闆提取注意保存,不能(néng)放置太久,避免反複凍融并防止降解。多(duō)數人會忽略這一問題,當實驗結果沒有(yǒu)任何條帶時,可(kě)優先考慮是否為(wèi)模闆降解的原因。
其他(tā)
1. Taq DNA 聚合酶:Taq 酶種類有(yǒu)很(hěn)多(duō),熱啓動酶,高保真酶,根據各自實驗的應用(yòng)選擇合适的酶擴增,一般的反應,化學(xué)修飾的熱啓動酶即能(néng)很(hěn)好的完成,化學(xué)修飾熱啓動酶能(néng)夠 避免低溫下任何非特異性産(chǎn)物(wù)産(chǎn)生。酶的濃度對擴增有(yǒu)一定影響,酶用(yòng)量過多(duō),會導緻非特異性産(chǎn)物(wù),操作(zuò)按照說明書即可(kě)。
2. dNTP:四種 dNTP 的濃度要相同,其中(zhōng)任何一種濃度偏高或偏低,都會引發堿基的錯誤滲入。此外,dNTP能(néng)夠和體(tǐ)系中(zhōng)鎂離子結合,從而影響體(tǐ)系中(zhōng)鎂離子的濃度。
3. 緩沖液:緩沖液一般随酶提供,一般的 PCR 試劑盒包括 Taq 酶,緩沖液,dNTP,水。初次擴增,可(kě)以完全按照試劑盒的說明書操作(zuò),如果擴增結果有(yǒu)問題,可(kě)自己嘗試摸索實驗 條件或重新(xīn)設計引物(wù)提取模闆擴增。
4. 因空氣中(zhōng)和手上有(yǒu)一定污染源,操作(zuò)過程中(zhōng)要戴手套,在幹淨的環境中(zhōng)配置反應體(tǐ)系,防止空氣中(zhōng)的污染源。
5. PCR 擴增的水要經過高壓滅菌或 0.2um 濾膜過濾。
6. 産(chǎn)物(wù)切膠回收二次擴增前,要先鑒定,二次擴增模闆稀釋 1000 倍。
常用(yòng)于PCR、real-time PCR、RT-PCR、cDNA合成、引物(wù)延伸反應、DNA測序、DNA标記等各種常規分(fēn)子生物(wù)學(xué)反應。
應用(yòng):
• qPCR、RT-qPCR
• PCR、RT-PCR、cDNA 合成
• 高保真度和長(cháng)範圍 PCR
• 等溫擴增
• DNA 标記
• 克隆
• Sanger 和下一代測序 (NGS)
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